Dvaja gauneri, Rough a Tumble, sú späť a chcú sa pomstiť Sonicovi a jeho priateľom. A nie sú jediní – vrátili sa aj niektorí z najväčších Sonicových nepriateľov a s pomocou nových zákerných spojencov plánujú rozšíriť nákazu do celého sveta. Dokonca ani Sonic nedokáže uniknúť pred vírusom.